Les cours de préparation à la licence sont réservés aux seuls étudiants inscrits (inscription trimestrielle) : ils doivent suivre une bonne dizaine de matières réparties sur 2 trimestres (été et hiver). Le cursus scientifique, très classique, couvre les disciplines de base de l'époque : mathématiques, physique, mécanique, chimie, zoologie et géologie.
Programme des cours de la Faculté des sciences de Marseille, année scolaire 1862-1863
Certains amphithéâtres de la Faculté des Sciences portent aujourd'hui le nom de ses enseignants les plus illustres, comme ceux appelés Charve ou Marion.
L'amphithéâtre historique de Mathématiques et Physique baptisé Charve - Faculté des sciences de Marseille
Les étudiants de Saint-Charles sont gâtés : les enseignements ne se limitent pas aux matières scientifiques, la Faculté de Droit propose des cours spéciaux (droit commercial, droit administratif, économie politique) et celle des Lettres des cours dans les mêmes spécialités que celles traitées à Aix (histoire, littérature, philosophie. Si les juristes et les littéraires viennent à Marseille organiser ces cours annexes, la réciproque est vraie : les scientifiques vont également donner des cours qu'on appellerait aujourd'hui cours du soir, comme ceux de géologie du professeur Coquand, également annoncés par voie d'affiche (de taille plus réduite).
A 20 heures, à l'amphi des Lettres : cours de géologie (Coquand 1861)
En plus de leurs cours réguliers et des cours complémentaires, la majorité des professeurs de la Faculté tiennent des conférences dans leur domaine de spécialité, conférences réservées aux seuls étudiants. Ces cumuls montrent que les professeurs avaient des charges d'enseignement assez lourdes (4 à 5 interventions hebdomadaires), sans compter leurs autres responsabilités (laboratoires, recherche, publications, administration,...). La dernière affiche de 1882-1883 fait référence à des cours publics, sans plus de précision.
