Les troisième et quatrième parties présentent l’application des décisions judiciaires, les sanctions et les peines encourues par les justiciables. Guillaume Durand y développe les principes liés à l’exécution des sentences, les mécanismes d’appel et les cas particuliers où l’intervention pontificale est requise. Il examine aussi les pénitences et les sanctions ecclésiastiques, notamment l’excommunication et l’interdit, ainsi que leur portée juridique et spirituelle.