Un décret du 17 mars 1808 fonde l’Université Impériale et crée les académies et la fonction de recteur. Depuis son origine, l'Académie d'Aix-Marseille archive ses correspondances échangées avec les établissements d'enseignement dont l'université
Pour encourager les travaux scientifiques de province, un prix, créé en 1869, récompense le meilleur ouvrage ou mémoire de chaque académie. Dans l'Académie d'Aix, un professeur de lycée et 2 membres de l'Université sont lauréats